Los ferrocarriles en Japón están a cargo de la compañía con fines lucro El Grupo de ferrocarriles de Japón, o también conocido el JR Group, este grupo esta constituido por siete empresas con fines de lucro que se hicieron cargo de la mayor parte de los activos y las operaciones de los Ferrocarriles Nacionales en manos del gobierno japonés el 1 de abril de 1987.
El Grupo JR maneja el corazón de la red ferroviaria de Japón, que opera una gran parte del servicio ferroviario interurbano, esto incluye las líneas ferroviarias de alta velocidad o Shinkansen y el servicio ferroviario local.
Existen seis compañías del Grupo Ferrocarriles del Japón (JR), proporcionan el servicio de pasajeros a la mayor parte de Hokkaido, Honshu, Shikoku y Kyushu, la séptima compañía JR se especializa en llevar carga.
Los gobiernos regionales, y las empresas mixtas financiadas entre los gobiernos regionales y empresas privadas, también ofrecen servicio de tren.
De acuerdo al recorrido los trenes tienen un nombre específico:
El tren que se detiene en cada estación se le llama tren local. Sólo se necesita un boleto con una tarifa fija para viajar en trenes locales. Los trenes más rápidos que los trenes locales se clasifican como rápidos, Expresos, Expresos limitados, etc.
Los operadores de trenes generalmente ponen nombre a los trenes de larga distancia. Para hacer la reserva de pasajes se utiliza los nombres del tren en vez de los números de tren. Los números del tren son casi exclusivos para uso profesional.