Dentro de las iglesias más antiguas que se encuentran en Madrid, la de San Andrés es una de ellas. El templo está situado en la Plaza del mismo nombre y es uno de los edificios religiosos más visitados por aquellos turistas que llegan a la capital gracias a comprar billetes de tren Valencia Madrid.
De esta iglesia se sabe existe a finales del siglo XII, sin saber con exactitud cómo fue su construcción y su surgimiento.
Con respecto a eso, poco se puede decir con certeza de esta primitiva iglesia. Se cree que fue levantada en un solar ocupado anteriormente por la primitiva iglesia cristiana del Madrid islámico, pues la jurisdicción de San Andrés se extendía por lo que fue el antiguo barrio mudéjar, que pasó luego a ser morería.
Este templo fue muy frecuentado por San Isidro Labrador y Santa María de la Cabeza, feligreses de la parroquia en la que el santo fue enterrado. Junto a él se alzaba la casa de su patrón Iván de Vargas, sobre la que se levantó luego el palacio de los marqueses de Paredes, ahora reconstruido y convertido en museo de titularidad municipal. En él se encontraba el pozo, protagonista de uno de los milagros del santo, y una pequeña capilla en el lugar donde se decía que había vivido San Isidro.
El emplazamiento de la primitiva iglesia estuvo ocupado antes por una mezquita situada junto a la torre albarrana en lo que luego fue el palacio de los Laso de Castilla, residencia de los Reyes Católicos y del cardenal Cisneros cuando se encontraban en Madrid.
En tiempos de los Reyes Católicos fue reformada la iglesia en estilo gótico, abriéndose a la vez un paso alto de comunicación con el palacio. En el siglo XVI se le adosó la Capilla del Obispo, luego templo independiente, a la que se trasladó en 1535 el cuerpo del santo por orden del obispo Gutierre de Vargas Carvajal, lo que dio lugar a discordias entre ambas capellanías, hasta que veinticuatro años después el cuerpo retornó a su emplazamiento original. En 1656 el viejo templo sufrió un desplome, reconstruyéndose modestamente a la vez que se construía la capilla de San Isidro, cambiando su orientación.
